Căn cứ theo khoản 1 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020 quy định về căn cứ cấp giấy phép môi trường bao gồm:
- Hồ sơ đề nghị cấp giấy phép môi trường quy định tại khoản 1 Điều 43 Luật Bảo vệ môi trường 2020;
- Báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt kết quả thẩm định (nếu có);
- Quy hoạch bảo vệ môi trường quốc gia, quy hoạch tỉnh, phân vùng môi trường, khả năng chịu tải của môi trường theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, trừ trường hợp quy định tại điểm e khoản 1 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020;
- Quy chuẩn kỹ thuật môi trường;
- Các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, tài nguyên nước và quy định khác của pháp luật có liên quan;
- Tại thời điểm cấp giấy phép môi trường, trường hợp Quy hoạch bảo vệ môi trường quốc gia, quy hoạch tỉnh, phân vùng môi trường, khả năng chịu tải của môi trường chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành thì việc cấp giấy phép môi trường được thực hiện căn cứ vào các điểm a, b, d và đ khoản 1 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020.
Thời điểm cấp giấy phép môi trường theo khoản 2 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020 như sau:
- Dự án đầu tư thuộc đối tượng phải thực hiện đánh giá tác động môi trường phải có giấy phép môi trường trước khi vận hành thử nghiệm công trình xử lý chất thải, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản 2 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020;
- Dự án đầu tư không thuộc đối tượng phải thực hiện đánh giá tác động môi trường phải có giấy phép môi trường trước khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành văn bản quy định tại các điểm a, b, c, d và g khoản 1 Điều 36 Luật Bảo vệ môi trường 2020.
Trường hợp dự án đầu tư xây dựng không thuộc đối tượng được cơ quan chuyên môn về xây dựng thẩm định báo cáo nghiên cứu khả thi theo quy định của pháp luật về xây dựng thì phải có giấy phép môi trường trước khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp, điều chỉnh giấy phép xây dựng;
- Đối với dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 39 Luật Bảo vệ môi trường 2020 đang vận hành thử nghiệm công trình xử lý chất thải theo quy định của pháp luật trước ngày 01/01/2022, chủ dự án đầu tư được lựa chọn tiếp tục vận hành thử nghiệm để được cấp giấy phép môi trường sau khi kết thúc vận hành thử nghiệm công trình xử lý chất thải hoặc lập hồ sơ để được cấp giấy phép môi trường trước khi hết thời hạn vận hành thử nghiệm.
Chủ dự án đầu tư không phải vận hành thử nghiệm lại công trình xử lý chất thải nhưng kết quả hoàn thành việc vận hành thử nghiệm phải được báo cáo, đánh giá theo quy định tại Điều 46 Luật Bảo vệ môi trường 2020;
- Cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 39 Luật Bảo vệ môi trường 2020 đã đi vào vận hành chính thức trước ngày 01/01/2022 phải có giấy phép môi trường trong thời hạn 36 tháng kể từ ngày 01/01/2022;
Trừ trường hợp đã được cơ quan có thẩm quyền cấp giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường, giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn môi trường, giấy xác nhận đủ điều kiện về bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu từ nước ngoài làm nguyên liệu sản xuất, giấy phép xử lý chất thải nguy hại, giấy phép xả nước thải vào nguồn nước, giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi (sau đây gọi chung là giấy phép môi trường thành phần).
Giấy phép môi trường thành phần được tiếp tục sử dụng như giấy phép môi trường đến hết thời hạn của giấy phép môi trường thành phần hoặc được tiếp tục sử dụng trong thời hạn 05 năm kể từ ngày 01/01/2022 trong trường hợp giấy phép môi trường thành phần không xác định thời hạn.
Ngoài ra, theo các khoản 3, 5 Điều 42 Luật Bảo vệ môi trường 2020 quy định về căn cứ và thời điểm cấp giấy phép môi trường như sau:
- Trường hợp dự án đầu tư hoặc cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp được thực hiện theo nhiều giai đoạn, có nhiều công trình, hạng mục công trình thì giấy phép môi trường có thể cấp cho từng giai đoạn, công trình, hạng mục công trình có phát sinh chất thải.
Giấy phép môi trường được cấp sau sẽ tích hợp nội dung giấy phép môi trường được cấp trước vẫn còn hiệu lực.
- Trường hợp có thay đổi tên dự án đầu tư, cơ sở, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp hoặc chủ dự án đầu tư, cơ sở thì chủ dự án đầu tư, cơ sở có trách nhiệm tiếp tục thực hiện giấy phép môi trường và thông báo cho cơ quan cấp giấy phép môi trường biết để được cấp đổi giấy phép.
- Kể từ ngày giấy phép môi trường có hiệu lực, quyết định phê duyệt kết quả thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường, giấy phép môi trường thành phần hết hiệu lực.