Căn cứ Điều 2 Thông tư 152 /2015/TT-BTC thì đối tượng chịu thuế tài nguyên là các tài nguyên thiên nhiên trong phạm vi đất liền, hải đảo, nội thuỷ, lãnh hải, vùng tiếp giáp lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa thuộc chủ quyền và quyền tài phán của nước Cộng hoà Xã hội chủ nghĩa Việt Nam quy định, bao gồm:
- Khoáng sản kim loại.
- Khoáng sản không kim loại.
- Sản phẩm của rừng tự nhiên, bao gồm các loại thực vật và các loại sản phẩm khác của rừng tự nhiên, trừ động vật và hồi, quế, sa nhân, thảo quả do người nộp thuế trồng tại khu vực rừng tự nhiên được giao khoanh nuôi, bảo vệ.
- Hải sản tự nhiên, gồm động vật và thực vật biển.
- Nước thiên nhiên, bao gồm: Nước mặt và nước dưới đất; trừ nước thiên nhiên dùng cho nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp và nước biển để làm mát máy.
Nước biển làm mát máy phải đảm bảo các yêu cầu về môi trường, hiệu quả sử dụng nước tuần hoàn và điều kiện kinh tế kỹ thuật chuyên ngành được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận. Trường hợp sử dụng nước biển mà gây ô nhiễm, không đạt các tiêu chuẩn về môi trường thì xử lý theo quy định tại Nghị định 179/2013/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thi hành hoặc sửa đổi, bổ sung, thay thế (nếu có).
- Yến sào thiên nhiên, trừ yến sào do tổ chức, cá nhân thu được từ hoạt động đầu tư xây dựng nhà để dẫn dụ chim yến tự nhiên về nuôi và khai thác.
Yến sào do tổ chức, cá nhân đầu tư xây dựng nhà để dẫn dụ chim yến tự nhiên về nuôi và khai thác phải đảm bảo theo quy định tại Thông tư 35/2013/TT-BNNPTNT và các văn bản sửa đổi, bổ sung, thay thế (nếu có).
- Tài nguyên thiên nhiên khác do Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan báo cáo Chính phủ để trình Uỷ ban thường vụ Quốc hội xem xét, quyết định.
- Đối với loại tài nguyên khai thác xác định được số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng thì sản lượng tài nguyên tính thuế là số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng của tài nguyên thực tế khai thác trong kỳ tính thuế.
Trường hợp tài nguyên khai thác thu được sản phẩm tài nguyên có nhiều cấp độ, chất lượng, giá trị thương mại khác nhau thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định theo sản lượng từng loại tài nguyên có cùng cấp độ, chất lượng, giá trị thương mại như nhau hoặc quy ra sản lượng của loại tài nguyên có sản lượng bán ra lớn nhất để làm căn cứ xác định sản lượng tính thuế cho toàn bộ sản lượng tài nguyên khai thác trong kỳ.
- Đối với tài nguyên không xác định được số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng thực tế của tài nguyên khai thác do chứa nhiều chất, tạp chất khác nhau và được bán ra sau khi sàng tuyển, phân loại thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định như sau:
+ Đối với tài nguyên sau khi sàng tuyển, phân loại thu được từng chất riêng thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định theo số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng loại tài nguyên hoặc từng chất có trong tài nguyên thu được sau khi sàng tuyển, phân loại .
Trường hợp đất, đá, phế thải, bã xít thu được qua sàng tuyển mà bán ra thì phải nộp thuế tài nguyên đối với lượng tài nguyên có trong phế thải, bã xít bán ra theo giá bán và thuế suất tương ứng của tài nguyên có trong phế thải, bã xít.
+ Đối với tài nguyên khai thác có chứa nhiều chất khác nhau (quặng đa kim) qua sàng, tuyển, phân loại mà không xác định được sản lượng từng chất có trong tài nguyên khai thác (quặng) thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định đối với từng chất căn cứ sản lượng tài nguyên thực tế khai thác (quặng) và tỷ lệ của từng chất có trong tài nguyên. Tỷ lệ từng chất có trong tài nguyên được xác định theo mẫu tài nguyên khai thác đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm định và phê duyệt. Trường hợp, tỷ lệ của từng chất có trong tài nguyên khai thác thực tế khác với tỷ lệ từng chất có trong mẫu tài nguyên (quặng) thì sản lượng tính thuế được xác định căn cứ kết quả kiểm định về tỷ lệ từng chất có trong tài nguyên khai thác thực tế của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
- Đối với tài nguyên khai thác không bán ra mà phải qua sản xuất, chế biến mới bán ra (tiêu thụ trong nước hoặc xuất khẩu) thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định như sau:
Đối với tài nguyên khai thác không bán ra mà phải qua sản xuất, chế biến mới bán ra (tiêu thụ trong nước hoặc xuất khẩu) thì sản lượng tài nguyên tính thuế là sản lượng tài nguyên khai thác được xác định bằng cách quy đổi từ sản lượng sản phẩm sản xuất trong kỳ để bán ra theo định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm. Định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm do NNT kê khai căn cứ dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt, tiêu chuẩn công nghệ thiết kế để sản xuất sản phẩm đang ứng dụng, trong đó:
+ Trường hợp sản phẩm bán ra là sản phẩm tài nguyên thì căn cứ định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm tài nguyên sản xuất bán ra.
+ Trường hợp sản phẩm bán ra là sản phẩm công nghiệp thì căn định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm công nghiệp sản xuất bán ra.
Việc xác định sản phẩm bán ra sau quá trình chế biến là sản phẩm công nghiệp hay không phải sản phẩm công nghiệp do Bộ quản lý nhà nước chuyên ngành thực hiện theo thẩm quyền.
- Đối với nước thiên nhiên dùng cho sản xuất thuỷ điện thì sản lượng tài nguyên tính thuế là sản lượng điện của cơ sở sản xuất điện bán cho bên mua điện theo hợp đồng mua bán điện hoặc sản lượng điện giao nhận trong trường hợp không có hợp đồng mua bán điện được xác định theo hệ thống đo đếm đạt tiêu chuẩn đo lường chất lượng Việt Nam, có xác nhận của bên mua, bên bán hoặc bên giao, bên nhận.
- Đối với nước khoáng thiên nhiên, nước nóng thiên nhiên, nước thiên nhiên tinh lọc đóng chai, đóng hộp, nước thiên nhiên dùng cho sản xuất, kinh doanh thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định bằng mét khối (m3) hoặc lít (l) theo hệ thống đo đếm đạt tiêu chuẩn đo lường chất lượng Việt Nam.
Người nộp thuế phải lắp đặt thiết bị đo đếm sản lượng nước khoáng thiên nhiên, nước nóng thiên nhiên, nước thiên nhiên khai thác để làm căn cứ tính thuế. Thiết bị lắp đặt phải có giấy kiểm định của cơ quan quản lý đo lường chất lượng tiêu chuẩn Việt Nam và thông báo lần đầu với cơ quan thuế kèm theo hồ sơ khai thuế tài nguyên trong kỳ khai thuế gần nhất kể từ ngày lắp đặt xong thiết bị.
Trường hợp do điều kiện khách quan không thể lắp đặt được thiết bị đo đếm sản lượng nước khai thác sử dụng và không trực tiếp xác định được sản lượng tính thuế thì thực hiện khoán sản lượng tài nguyên khai thác theo kỳ tính thuế. Cơ quan thuế phối hợp với cơ quan có liên quan ở địa phương xác định sản lượng tài nguyên khai thác được khoán để tính thuế tài nguyên theo quy định tại Thông tư 152 /2015/TT-BTC.
- Cơ chế phối hợp giữa Cơ quan thuế, Cơ quan Tài nguyên và môi trường để quản lý hoạt động khai thác tài nguyên tại địa phương như sau:
Căn cứ kê khai của NNT về sản lượng tài nguyên thực tế khai thác trong năm theo từng mỏ tại Bảng kê được nộp cùng với Tờ khai quyết toán thuế tài nguyên khi kết thúc năm tài chính, trong vòng 05 ngày làm việc, cơ quan thuế có trách nhiệm chuyển cơ quan Tài nguyên và Môi trường thông tin chi tiết về sản lượng khai thác tài nguyên trong năm theo từng mỏ của các đơn vị trong địa bàn.
Cơ quan Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm đối chiếu sản lượng tài nguyên đã khai thác tại từng mỏ do đơn vị khai thác khai, nộp thuế với dữ liệu đã có tại cơ quan tài nguyên và môi trường; Trường hợp sản lượng khai thuế không phù hợp sản lượng được phép khai thác ghi trên Giấy phép khai thác hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì cơ quan Tài nguyên và môi trường sẽ thực hiện các biện pháp nghiệp vụ để xác định sản lượng khai thác thực tế của đơn vị.
Trong vòng 07 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông tin do cơ quan thuế chuyển đến, Cơ quan Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm chuyển thông tin cho cơ quan thuế để xử lý theo quy định của Luật Quản lý thuế.
- Trường hợp trên địa bàn có doanh nghiệp khai thác, xuất khẩu sản phẩm tài nguyên, cơ quan thuế thực hiện xác định sản lượng sản phẩm tài nguyên thực tế xuất khẩu trên Tờ khai Hải quan theo cơ chế trao đổi thông tin tại Quyết định 574 QĐ/BTC ngày 30/3/2015. Trường hợp phát sinh chênh lệch sản lượng tài nguyên tính thuế mà doanh nghiệp đã kê khai, nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì cơ quan thuế áp dụng các biện pháp kiểm tra, thanh tra phù hợp theo quy định của Luật Quản lý Thuế để tính, thu đủ thuế tài nguyên và xử lý vi phạm theo quy định.
Sản lượng tài nguyên khai thác tăng thêm qua kiểm tra, thanh tra phải chịu thuế tài nguyên theo mức thuế suất và giá tính thuế tài nguyên quy định tại thời điểm phát sinh sản lượng tài nguyên khai thác; Trường hợp không xác định được sản lượng tài nguyên khai thác tăng thêm phát sinh thuộc kỳ kê khai thuế cụ thể nào thì áp dụng mức thuế suất và giá tính thuế tài
